本发明属于精细化工技术领域，具体涉及一种微波过程强化制备不同脱乙酰度和聚合度系列壳低聚糖的方法。将甲壳素溶解于碱性溶液中，在一定温度下进行均相脱乙酰反应，制备出脱乙酰度在30~70%的壳聚糖。再将制备的壳聚糖溶解于酸性水溶液中，微波辐射下降解，降解产物在无水乙醇中醇析，经离心洗涤后干燥得到不同脱乙酰度的壳低聚糖。由于采用微波强化降解过程，本方法具有反应时间短，壳低聚糖产品收率高，同时壳低聚糖的脱乙酰度和分子量均能够有效调控等优点，可制备出系列具有不同脱乙酰度和分子量的壳低聚糖产品。